| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-1249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1249 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-1249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1249 Cfa-Mir-1249 Cja-Mir-1249 Cpo-Mir-1249 Dno-Mir-1249 Eca-Mir-1249 Ete-Mir-1249 Hsa-Mir-1249 Laf-Mir-1249 Mml-Mir-1249 Mmr-Mir-1249 Mmu-Mir-1249 Pab-Mir-1249 Rno-Mir-1249 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0264: 178972-179030 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGCUCCGCGGAUUCUUGUUUGCGUGGGGAGGAGGGAGGAGAUGGGCCAAGUUCCCUCUGCCUGGAACGCCCUUCCCCCCCUUCUUCACCUGGCGAACUCCUACUCGUCUGUCAAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGCUCCGCGGAUUCUU-- GU -| A A U CAA CUC GUUUGC GG GGAGGAGGG GG GA GGGC GUUCC U CAAGCG CC CUUCUUCCC CC CU CCCG CAAGG G CAGAACUGUCUGCUCAUCCU GU A^ - C U --- UCC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-1249_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAGGGAGGAGAUGGGCCAAGUUCC -26
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-1249_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048586 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACGCCCUUCCCCCCCUUCUUCA -59
Get sequence
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