| MirGeneDB ID | Pab-Mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1271 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1271 Cfa-Mir-1271 Cpo-Mir-1271 Dno-Mir-1271 Eca-Mir-1271 Ete-Mir-1271 Hsa-Mir-1271 Laf-Mir-1271 Mml-Mir-1271 Mmu-Mir-1271 Rno-Mir-1271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054683.2: 186465992-186466049 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCUGUAUCCCCAGCACCCAGAUCAGUGCUUGGCACCUAGCAAGCACUCAGUAAAUACUUGUUGAGUGCCUGCUAUGUGCCAGGCAUUGUGCUGAGGGCUUUGUGGGGAUGCAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCUGUAUCCCCAGCA- -| AU C A GUAAA CC CAG CAGUGCUUGGCAC UAGCA GCACUCA U GG GUC GUUACGGACCGUG AUCGU CGUGAGU A GAGACGUAGGGGUGUUUCG A^ GU U C UGUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-1271_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUGGCACCUAGCAAGCACUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-1271_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AGUGCCUGCUAUGUGCCAGGCA -58
Get sequence
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