| MirGeneDB ID | Pab-Mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1911 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1911 Cfa-Mir-1911 Cja-Mir-1911 Eca-Mir-1911 Hsa-Mir-1911 Mml-Mir-1911 Mmr-Mir-1911 Ocu-Mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 120605512-120605570 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1911) |
Mir-1298
CM054702.2: 120561328-120561403 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1911 CM054702.2: 120605512-120605570 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUAUCCAUCAUCAUUUGCUUGGCAUCUGCUGAGUACCGCCAUGUCUGUUGGGCAUCCACAGUUUCCCACCAGGCAUUGUGGUCUCCGCUGACGCUUUGCCAUUUCACCACCGGUGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUAUCCAUCAUCAUUU--| UU A U U U C U CAUCC GC GGC UC GC GAG ACCGC AUGUCUG UGGG A CG UCG AG CG CUC UGGUG UACGGAC ACCC C UCCGUGGCCACCACUUUAC^ UU C U C - U C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-1911_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUACCGCCAUGUCUGUUGGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-1911_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CACCAGGCAUUGUGGUCUCCGC -59
Get sequence
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