| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1911 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1911 Cfa-Mir-1911 Cja-Mir-1911 Eca-Mir-1911 Hsa-Mir-1911 Mml-Mir-1911 Mmr-Mir-1911 Pab-Mir-1911 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrX: 63203067-63203125 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1911) |
Mir-1298
chrX: 63168656-63168729 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1911 chrX: 63203067-63203125 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUAUCCAUCAUCAUUUGCUGGGCAUCUGCUGAGUACCACCAUGUCUGUUGGACAUGCACAGUCUCCCACCAGGCAUUGUGGUCUCUGCCGAUGCUCUGCCAUUUCACCACCAGUACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUAUCCAUCAUCAUUU--| U U U U C U ACAUGC GC GGGCAUC GC GAG ACCAC AUGUCUG UGG A CG CUCGUAG CG CUC UGGUG UACGGAC ACC C UCCAUGACCACCACUUUAC^ U C U - U C CUCUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-1911_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048601 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGUACCACCAUGUCUGUUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-1911_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CACCAGGCAUUGUGGUCUCUGC -59
Get sequence
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