| MirGeneDB ID | Pca-Mir-279-o29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Penis worm (Priapulus caudatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pca-Mir-279-o27 Pca-Mir-279-o28 Pca-Mir-279-o30 Pca-Mir-279-o31 Pca-Mir-279-o32 Pca-Mir-279-o33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Bpl-Mir-279 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. caudatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Priapulus_caudatus_gca000485595v2) |
KQ716014.1: 17538-17596 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-o29) |
Mir-92-o96
KQ716014.1: 7152-7210 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-279-o30 KQ716014.1: 16868-16927 [-] UCSC Ensembl Mir-279-o29 KQ716014.1: 17538-17596 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUACAACUGAAAUAACUGGGCAAUACCAUGGGUGAGUAGGCUACUGGUCCACGUUGUAGAUAAAUCGUGACUAGAGCCUUACUCAUCCUUUGGUAUAGUCUGAAAACAGCACGUGUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUACAACUGAAAUAACU- A U- -| A C UUGUA GGGC AUACCA GGGUGAGU AGGCU CUGGUC ACG G UCUG UAUGGU CCUACUCA UCCGA GAUCAG UGC A UUAUGUGCACGACAAAAG A UU U^ - - UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-279 genes were present in the last common ancestor of ecdysozoans and how the priapulid Mir-279s relate to the Mir-279s in nematodes or arthropods and thus these multiple paralogues are classified here as orphans pending new data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pca-Mir-279-o29_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUGAGUAGGCUACUGGUCCACG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pca-Mir-279-o29_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGACUAGAGCCUUACUCAUCCU -59
Get sequence
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