| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4828-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4828 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4828-P2 Pfl-Mir-4828-P3 Pfl-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sko-Mir-4828-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD343010.1: 765739-765802 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4828-P1) |
Mir-4828-P4
LD343010.1: 765234-765296 [-]
Mir-4828-P3 LD343010.1: 765387-765446 [-] Mir-4828-P2 LD343010.1: 765581-765644 [-] Mir-4828-P1 LD343010.1: 765739-765802 [-] |
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| Seed | GUAAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUGCCGAUUAACUUUUGGAGUGACCUUUCAGUCUGAUUGGUAUUUUCAUCUGUUGGUAAAAUAGCCAUACAGUAAAUACCAUUCAGAUUGCAAGGUUAUCCCUAAAAUCUUCACUUUUUGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCUGCCGAUUAACUUUU--| AG U U UCAUCUGUUGGUA GG UGACCUU CAGUCUGA UGGUAUUU A CC AUUGGAA GUUAGACU ACCAUAAA A GGGUUUUUCACUUCUAAAAU^ CU C U UGACAUACCGAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pfl-Mir-4828-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUCUGAUUGGUAUUUUCAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pfl-Mir-4828-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUAAAUACCAUUCAGAUUGCA -64
Get sequence
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