| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4828-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4828 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pfl-Mir-4828-P1 Pfl-Mir-4828-P2 Pfl-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Sko-Mir-4828-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD343010.1: 765387-765446 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4828-P3) |
Mir-4828-P4
LD343010.1: 765234-765296 [-]
Mir-4828-P3 LD343010.1: 765387-765446 [-] Mir-4828-P2 LD343010.1: 765581-765644 [-] Mir-4828-P1 LD343010.1: 765739-765802 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUAACUUUUGACCAUGGCUCUUGCCAGCCAAUCUGAAUGUGCAUUUUCACUGUGUGUCUAUACAACAGUAAAUGCCAUUCAGGUUGACUGGAGGGAGUGUGUAGCAGCGGCAAACUUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUAACUUUUGACCAUG--| UG C U UC GUGUGUC GCUCU CCAG CAAUCUGAAUG GCAUUU ACU \ UGAGG GGUC GUUGGACUUAC CGUAAA UGA U AUUCAAACGGCGACGAUGUG^ GA A - -- CAACAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pfl-Mir-4828-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAUCUGAAUGUGCAUUUUCACU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pfl-Mir-4828-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGUAAAUGCCAUUCAGGUUGAC -60
Get sequence
|
