| MirGeneDB ID | Pve-Mir-1986-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1986 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-1986-P3 Pve-Mir-1986-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1986 Cte-Mir-1986 Eba-Mir-1986 Efe-Mir-1986 Lan-Mir-1986 Lgi-Mir-1986 Lhy-Mir-1986 Mgi-Mir-1986 Mom-Mir-1986 Npo-Mir-1986 Obi-Mir-1986 Ofu-Mir-1986 Ovu-Mir-1986 Pdu-Mir-1986 Rph-Mir-1986 War-Mir-1986 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Dentaliidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr2: 352801286-352801343 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1986-P5) |
Mir-1990-P2e
Pve_Chr2: 352798096-352798154 [-]
Ensembl
Mir-1990-P2d Pve_Chr2: 352800222-352800278 [-] Ensembl Mir-1986-P5 Pve_Chr2: 352801286-352801343 [-] Ensembl Mir-1986-P4 Pve_Chr2: 352801964-352802022 [-] Ensembl Mir-1990-P2c Pve_Chr2: 352803059-352803115 [-] Ensembl Mir-1990-P2b Pve_Chr2: 352803736-352803791 [-] Ensembl |
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| Seed | GGAUUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAGAAAGUUUUCAAGCUUGCAUCUGGUCCGUGGCUCCUGGAAAUUCUACGUUGAUUUAAAUUCGCGGAUUUCCCAAGAUCCAUGUUCUAGAUGAUGUAAGAUGCACCACUCGAAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAAGAAAGUUUUCAAGCUUG-- UC C CU-| UACGUUGAU CAUCUGG CGUGG UC GGAAAUUC \ GUAGAUC GUACC AG CCUUUAGG U GUAAGCUCACCACGUAGAAUGUA UU U AAC^ CGCUUAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pve-Mir-1986-P5_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUGGCUCCUGGAAAUUCUAC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Pve-Mir-1986-P5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGGAUUUCCCAAGAUCCAUGUU -58
Get sequence
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