| MirGeneDB ID | Sma-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-750 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-750 Aga-Mir-750 Agr-Mir-750 Asu-Mir-750 Ava-Mir-750-P9 Ava-Mir-750-P10 Bge-Mir-750 Bko-Mir-750 Bpl-Mir-750 Csc-Mir-750-P7 Csc-Mir-750-P8 Cte-Mir-750 Dgr-Mir-750 Dlo-Mir-750 Dma-Mir-750 Dpu-Mir-750 Eba-Mir-750 Efe-Mir-750-P1 Efe-Mir-750-P2 Efe-Mir-750-P3 Esc-Mir-750 Hme-Mir-750 Hru-Mir-750 Isc-Mir-750 Lan-Mir-750 Lgi-Mir-750 Llo-Mir-750 Lpo-Mir-750-P4 Lpo-Mir-750-P5 Lpo-Mir-750-P6 Mgi-Mir-750 Mom-Mir-750 Npo-Mir-750 Obi-Mir-750 Ofu-Mir-750 Ovu-Mir-750 Pau-Mir-750 Pca-Mir-750 Pcr-Mir-750 Pdu-Mir-750 Pve-Mir-750 Rph-Mir-750 Sme-Mir-750 Snu-Mir-750 Tca-Mir-750 Tur-Mir-750 War-Mir-750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
OU426848.1: 7214832-7215033 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-750) |
Mir-1175
OU426848.1: 7214600-7214709 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-750 OU426848.1: 7214832-7215033 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAGAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAUAAAUAUACAUAAACCAGGUAUGUAAAAGUUGGAAGGCCAGAUUUAGCGAAUAUUCACAACUGUAAUCUUCAAAUAACUUGUUCUCAACGAUAAAAUUGUCAUCAAUUAAUAGAAGUACAUGUACACUAAAUGAAAUUAUGACUGAGAAUUCAGUUAACAUUCAUAGAACAAGUUAGUUACUAGUGAGUAGAAGGAUUCUACCGCCAGAUCUGUCGCUUCCAACUCUACAAAUUCUGGCUUAACAGCUUUAACUAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 UAUAUAAAUAUACAUAAA-- UA-| AA GC- A AAUAUUCACAACUGUAAUCUUCAAAUAACUUGUUCUCAACGAUAAAAUUGUCAUCAAUUAAUAGAAGUACAUGUAC CCAGG UGUA AGUUGGAAG CAGAUUU GCG \ GGUCU ACAU UCAACCUUC GUCUAGA CGC A UGUAUCAAUUUCGACAAUUC UAA^ C- GCU C CAUCUUAGGAAGAUGAGUGAUCAUUGAUUGAACAAGAUACUUACAAUUGACUUAAGAGUCAGUAUUAAAGUAAAUC 260 250 240 230 220 210 200 190 180 170 160 150 140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sma-Mir-750_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGUUGGAAGGCCAGAUUUAGCG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Sma-Mir-750_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
178- CCAGAUCUGUCGCUUCCAACUCUA -202
Get sequence
|
