| MirGeneDB ID | Tni-Mir-132-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-132-P1a Tni-Mir-132-P2a Tni-Mir-132-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Ami-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cmi-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1b Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Gmo-Mir-132-P1b Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1b Mdo-Mir-132-P1 Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 7924414-7924476 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1b) |
Mir-2184-P1
7: 7923438-7923495 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1b 7: 7924414-7924476 [-] UCSC Ensembl Mir-132-P2b 7: 7924699-7924767 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCUCCUCCAUCCUGCUGUCUCCAUGGCGACCGUGGCUUUAGAUUGUUACUCUUUGCAAGAGCUCCAUGGUAACAGUCUACAGCCAUGGUCGUUAGGGGCAGGUGUCAUCAGGAAAGUUAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCUCCUCCAUCCUGC----| U A U CUUUGCAA UGUC CC UGGCGACCGUGGCU UAGAUUGUUACU \ ACGG GG AUUGCUGGUACCGA AUCUGACAAUGG G AAAUUGAAAGGACUACUGUGG^ - - C UACCUCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There are apparent multiple Dicer cuts on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-132-P1b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGUGGCUUUAGAUUGUUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-132-P1b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG -63
Get sequence
|
