| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-132-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-132 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-132-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-132-P1 Ami-Mir-132-P1 Bta-Mir-132-P1 Cfa-Mir-132-P1 Cja-Mir-132-P1 Cmi-Mir-132-P1 Cpi-Mir-132-P1 Cpo-Mir-132-P1 Dno-Mir-132-P1 Dre-Mir-132-P1a Dre-Mir-132-P1b Ebu-Mir-132-P1e Ebu-Mir-132-P1f Eca-Mir-132-P1 Ete-Mir-132-P1 Gga-Mir-132-P1 Gja-Mir-132-P1 Gmo-Mir-132-P1a Gmo-Mir-132-P1b Hsa-Mir-132-P1 Laf-Mir-132-P1 Lch-Mir-132-P1 Loc-Mir-132-P1 Mal-Mir-132-P1a Mal-Mir-132-P1b Mdo-Mir-132-P1 Mml-Mir-132-P1 Mmr-Mir-132-P1 Mmu-Mir-132-P1 Mun-Mir-132-P1 Neu-Mir-132-P1 Oan-Mir-132-P1 Ocu-Mir-132-P1 Pab-Mir-132-P1 Pbv-Mir-132-P1 Pma-Mir-132-o1 Rno-Mir-132-P1 Sha-Mir-132-P1 Spt-Mir-132-P1 Sto-Mir-132-P1 Tgu-Mir-132-P1 Tni-Mir-132-P1a Tni-Mir-132-P1b Xla-Mir-132-P1c Xla-Mir-132-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 27663375-27663433 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-132-P1) |
Mir-132-P2
chr2: 27657646-27657714 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-132-P1 chr2: 27663375-27663433 [+] UCSC Ensembl Mir-2184 chr2: 27689436-27689495 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AACAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUUUUAUACUACCACUGUCUCCAGGGCAACCGUGGCUUUAGAUUGUUACUGUAGUUCUGCAUUGGUAACAGUCUACAGCCAUGGUCGCUCGGGCAAGAUGCAGUCAGCGUGGUUGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUUUUUAUACUACCACU --| A A U GUAGUU GUCU CC GGGC ACCGUGGCU UAGAUUGUUACU \ UAGA GG CUCG UGGUACCGA AUCUGACAAUGG C AAGUUGGUGCGACUGACG AC^ G C C UUACGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-132-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCGUGGCUUUAGAUUGUUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-132-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAACAGUCUACAGCCAUGGUCG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-132 |
