| MirGeneDB ID | Xla-Mir-19-P2c4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xla-Mir-19-P2c3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2c Ami-Mir-19-P2c Bta-Mir-19-P2c Cfa-Mir-19-P2c Cja-Mir-19-P2c Cli-Mir-19-P2c Cmi-Mir-19-P2c Cpi-Mir-19-P2c Cpo-Mir-19-P2c Dno-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2c Eca-Mir-19-P2c Ete-Mir-19-P2c Gga-Mir-19-P2c Gja-Mir-19-P2c Gmo-Mir-19-P2c Hsa-Mir-19-P2c Laf-Mir-19-P2c Lch-Mir-19-P2c Mdo-Mir-19-P2c Mml-Mir-19-P2c Mmr-Mir-19-P2c Mmu-Mir-19-P2c Mun-Mir-19-P2c Neu-Mir-19-P2c Oan-Mir-19-P2c Ocu-Mir-19-P2c Pab-Mir-19-P2c Pbv-Mir-19-P2c Rno-Mir-19-P2c Sha-Mir-19-P2c Spt-Mir-19-P2c Sto-Mir-19-P2c Tgu-Mir-19-P2c Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 74792343-74792399 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2c4) |
Mir-92-P2c4
NC_030739.1: 74792087-74792151 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c4 NC_030739.1: 74792213-74792274 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c4 NC_030739.1: 74792343-74792399 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c4 NC_030739.1: 74792455-74792515 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c4 NC_030739.1: 74792615-74792679 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c4 NC_030739.1: 74792740-74792796 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUUGGUGACUAAUGAUUCCCGCUCCGGUCAGUUUAGCUGGUUUGCAUCAGCUGGCUACUGUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUGUAUUUGGGAAGGUUCUCCAGAAUUGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACUUGGUGACUAAUGAU- CUC- A - -| U UGGC UCCCG CGGUCAGUUU GC UGG UUUGCA CAGC U AGGGU GUCAGUCAAA CG ACC AAACGU GUCG A UCGUUAAGACCUCUUGGA UUAU A U U^ - UGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-19-P2c4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUAGCUGGUUUGCAUCAGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-19-P2c4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -57
Get sequence
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