| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-15-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-16b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-15-P1a Xtr-Mir-15-P1b Xtr-Mir-15-P1c Xtr-Mir-15-P2a Xtr-Mir-15-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2b Bta-Mir-15-P2b Cfa-Mir-15-P2b Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2b Cli-Mir-15-P2b Cmi-Mir-15-P2b Cpi-Mir-15-P2b Cpo-Mir-15-P2b Dno-Mir-15-P2b Dre-Mir-15-P2b Eca-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2b Gga-Mir-15-P2b Gja-Mir-15-P2b Gmo-Mir-15-P2b Hsa-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2b Lch-Mir-15-P2b Loc-Mir-15-P2b Mal-Mir-15-P2b Mdo-Mir-15-P2b Mml-Mir-15-P2b Mmr-Mir-15-P2b Mmu-Mir-15-P2b Mun-Mir-15-P2b Neu-Mir-15-P2b Oan-Mir-15-P2b Ocu-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2b Pbv-Mir-15-P2b Rno-Mir-15-P2b Sha-Mir-15-P2b Spt-Mir-15-P2b Sto-Mir-15-P2b Tgu-Mir-15-P2b Tni-Mir-15-P2b Xla-Mir-15-P2b1 Xla-Mir-15-P2b2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 103362049-103362108 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2b) |
Mir-15-P2b
chr5: 103362049-103362108 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P1b chr5: 103362208-103362267 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCCCUCCGUUAAUAUAAUUGCUCCGCAUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGGUGAUAUGAUAUGGAGCCCCAGUAUUAUUGUACUGCUUAAGUGUGGCAAGGAUCCUGCACCAGUAUUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCCCUCCGUUAAUAUAA--| UC AUU C UA UGAUAUG UUGC CGC AGCAG ACG AAUAUUGGG A AACG GUG UCGUC UGU UUAUGACCC U AUUUUAUGACCACGUCCUAGG^ GU AAU A UA CGAGGUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-15-P2b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003668 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-16b |
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| Star sequence | Xtr-Mir-15-P2b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCCAGUAUUAUUGUACUGCUUAA -60
Get sequence
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