| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-489-v1 Ami-Mir-489-v1 Bta-Mir-489-v1 Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Cli-Mir-489-v1 Cpi-Mir-489-v1 Dno-Mir-489 Dre-Mir-489-v1 Eca-Mir-489 Gga-Mir-489-v1 Gja-Mir-489 Gmo-Mir-489-v1 Hsa-Mir-489-v1 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Loc-Mir-489-v1 Mal-Mir-489-v1 Mml-Mir-489-v1 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 Tgu-Mir-489-v1 Tni-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr6: 24122623-24122682 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v1) |
Mir-489-v2
chr6: 24122622-24122683 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 chr6: 24122623-24122682 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGCUGAGACCAUAAUGGUGGUGGCUUAGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUGGAUUUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGACACGUCUGUCUUGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGCUGAGACCAUAAUG--|UG UG C UG C ACUGGA G G G UUAG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU U C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG U AGGUUCUGUCUGCACAGUA^GU GU A GU A GAUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-489 |
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| Variant | Xtr-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCGCUGAGACCAUAAUGGUGGUGGCUUAGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUGGAUUUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCUGCAUGACACGUCUGUCUUGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCGCUGAGACCAUAAUG--|UG UG C UG C UACUGGA G G G UUAG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU U C C C AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA U AAGGUUCUGUCUGCACAGUA^GU GU A GU A GGAUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-489 |
