| MirGeneDB ID | Ava-Mir-12593-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12593 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Mir-12593-P1a Ava-Mir-12593-P1b Ava-Mir-12593-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bko-Mir-12593 Bpl-Mir-12593 Ple-Mir-12593 Sne-Mir-12593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075492.1: 8653273-8653335 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12593-P2a) |
Novel-10-P2
CP075492.1: 8603526-8603583 [+]
Ensembl
Mir-12593-P2a CP075492.1: 8653273-8653335 [+] Ensembl |
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| Seed | CAUUCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAACAGUAGUAAACUUUAUUCGAACGAAAGCAUUAUUAAAAGGGAAUUUGUGAUUUUGUUUUGAUAUUUCACAUUCUCUUUCAAUAGUGCCUUUGUCUAUUUUCAUACAACUACGAAGAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAACAGUAGUAAACUUUAUUC---| A A A UU UUUUGUU GA CGAA GCAUUAUU AAAGGGAA UGUGA \ CU GUUU CGUGAUAA UUUCUCUU ACACU U AAAAGAAGCAUCAACAUACUUUUAU^ - C C -- UUAUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ava-Mir-12593-P2a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAUUAUUAAAAGGGAAUUUGUGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ava-Mir-12593-P2a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAUUCUCUUUCAAUAGUGCCU -63
Get sequence
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