| MirGeneDB ID | Ava-Mir-12598-P6a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Mir-12598-P1a Ava-Mir-12598-P1b Ava-Mir-12598-P2a Ava-Mir-12598-P2b Ava-Mir-12598-P3 Ava-Mir-12598-P4a Ava-Mir-12598-P4b Ava-Mir-12598-P5a Ava-Mir-12598-P5b Ava-Mir-12598-P6b Ava-Mir-12598-P7a Ava-Mir-12598-P7b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075494.1: 15756680-15756749 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12598-P6a) |
Mir-12598-P2b
CP075494.1: 15756552-15756629 [-]
Ensembl
Mir-12598-P6a CP075494.1: 15756680-15756749 [-] Ensembl Mir-12598-P4b CP075494.1: 15756821-15756880 [-] Ensembl |
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| Seed | CACUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAUUCGAAUGAAUAUGAAAAUGGCGAUUACACUGUUCACACACCUCGCGCCGAGAUUCUAUUUCAAUAAAGUUCCGCUGGGUUGUGCAAACAGUCUAAUUGCUUUUUUCUCAUUGAUUCUACACGAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAUUCGAAUGAAUAU-- U C CA -| C CCGAGAUUCUAU GAAAA GGCGAUUA ACUGUU CAC ACCU GCG \ CUUUU UCGUUAAU UGACAA GUG UGGG CGC U GUAGCACAUCUUAGUUACU U C AC U^ U CUUGAAAUAACU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Mir-12598-P6a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACACUGUUCACACACCUCGCG -21
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Mir-12598-P6a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- CUGGGUUGUGCAAACAGUCUAA -70
Get sequence
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