| MirGeneDB ID | Ava-Mir-2-o139a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Mir-2-o139b-v1 Ava-Mir-2-o140a Ava-Mir-2-o140b Ava-Mir-2-o141a Ava-Mir-2-o141b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Pca-Mir-2-o139 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075495.1: 15778415-15778482 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o139a) |
Mir-71-P20
CP075495.1: 15778284-15778347 [+]
Ensembl
Mir-2-o139a CP075495.1: 15778415-15778482 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUCUUUUCAUUUUGUCAAUAAGAUUUAUUCCUCAAAAAUGAUUGUGUUUAUGUUGAAUUAUUGAAAAUAUCAUAUCACAGUCAGCUUUGAUGGAAUAAAUUAGACAUUUUAACGACGAAAACAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUCUUUUCAUUUUGUCAAUAA-- -| AA UU UUGAAUUA GAUUUAUUCC UCAAA UGAUUGUG UAUG U UUAAAUAAGG AGUUU ACUGACAC AUAC U CUAACAAAAGCAGCAAUUUUACAGA U^ CG U- UAUAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ava-Mir-2-o139a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUCAAAAAUGAUUGUGUUUAUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ava-Mir-2-o139a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGUCAGCUUUGAUGGAAU -68
Get sequence
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