| MirGeneDB ID | Cja-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-127 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-127 Cfa-Mir-127 Cpo-Mir-127 Dno-Mir-127 Eca-Mir-127 Ete-Mir-127 Hsa-Mir-127 Laf-Mir-127 Mml-Mir-127 Mmr-Mir-127 Mmu-Mir-127 Ocu-Mir-127 Pab-Mir-127 Rno-Mir-127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 131690462-131690517 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-127) |
Mir-770
CM021924.1: 131654447-131654508 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM021924.1: 131672486-131672548 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM021924.1: 131682138-131682197 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM021924.1: 131688487-131688550 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM021924.1: 131689358-131689431 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM021924.1: 131690462-131690517 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM021924.1: 131691960-131692028 [+] UCSC Ensembl Mir-136 CM021924.1: 131692180-131692235 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM021924.1: 131718304-131718360 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUCUCACUGUGAUCACUGUCUCCAGCCUGCUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUUCAGAAAGAUCAUCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCUGGUCGGAAGUCUCAUCAUCUGCUUCCUUCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGUCUCACUGUGAUCACUGUC--| A U G G C UCAGA UCC GCC GCU AAGCUCAGA GG UCUGAU \ AGG UGG CGG UUCGAGUCU CC AGGCUA A GCUUCCUUCGUCUACUACUCUGA^ C U - G U CUAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cja-Mir-127_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGAAGCUCAGAGGGCUCUGAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Cja-Mir-127_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UCGGAUCCGUCUGAGCUUGGCU -56
Get sequence
|
