| MirGeneDB ID | Cja-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-448 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-448 Cfa-Mir-448 Cpo-Mir-448 Eca-Mir-448 Ete-Mir-448 Hsa-Mir-448 Laf-Mir-448 Mml-Mir-448 Mmr-Mir-448 Mmu-Mir-448 Ocu-Mir-448 Pab-Mir-448 Rno-Mir-448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 107095147-107095225 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-448) |
Mir-1911
CM021937.1: 107045408-107045466 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-448 CM021937.1: 107095147-107095225 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGCAUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUUCACCUUCACAUGGGCGGGGAGGUUGAACAUCCUGCAUAGUGCUGCCAGGAAAUCCCUAUUUCAUACUAAGAGGGGGCUGGCUGGUUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAUCUCCCAGCCCACUUCGUCAUGACAGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGUUCACCUUCACAUG--| G UGA G U AGGAAAUCCCUAUUUCA GGC GGGAGGU ACAUCCUGCAUA UGC GCC U CCG CCCUCUA UGUAGGAUGUAU ACG UGG A AUAGACAGUACUGCUUCAC^ A CCC - U UCGGUCGGGGGAGAAUC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-448_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUCCUGCAUAGUGCUGCC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-448_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
59- UUGCAUAUGUAGGAUGUCCC -79
Get sequence
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