| MirGeneDB ID | Cli-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold102: 20718008-20718068 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v1) |
Mir-1329-v1
scaffold102: 20718008-20718068 [+]
Mir-1329-v2 scaffold102: 20718009-20718067 [+] |
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| Variant | Cli-Mir-1329-v1 |
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| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAGACAAGUCUUGGUCUGGUUGUAGAGAUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUUGAUCACGAUAUCCCUAUGACUUGAGAAACAACAGGUUUAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAGACAAGUCUUGGU--|U UG A CA U AUUUCUC C GGU UAG GAUA GUGAUCAGGUUACGA GG A G UCA AUC CUAU CACUAGUUCGAUGCU CC A UCAAUUUGGACAACAAAGA^U GU C AG - AACAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-1329-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Cli-Mir-1329-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCGUAGCUUGAUCACGAUAUC -61
Get sequence
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| Variant | Cli-Mir-1329-v2 |
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| Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAGACAAGUCUUGGUCUGGUUGUAGAGAUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUUGAUCACGAUAUCCCUAUGACUUGAGAAACAACAGGUUUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAGACAAGUCUUGGUCU--| UG A CA U AUUUCUC GGU UAG GAUA GUGAUCAGGUUACGA GG A UCA AUC CUAU CACUAGUUCGAUGCU CC A CAAUUUGGACAACAAAGAGU^ GU C AG - AACAAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cli-Mir-1329-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cli-Mir-1329-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCGUAGCUUGAUCACGAUAU -59
Get sequence
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