| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cmi-Mir-1329 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584609: 7904401-7904461 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v1) |
Mir-1329-v1
JH584609: 7904401-7904461 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1329-v2 JH584609: 7904402-7904460 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cpi-Mir-1329-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGAUGGGUCUCUCAGUCUGGUUGUAGGGAUACAGUGAUCAGGUUACGAGGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUCGGUCACGAUAUCCCUAUGACUUAGAUAACAACAGGUUUAACCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUGAUGGGUCUCUCAGU- -| UG CA AG GAUUUCUC CU GGU UAGGGAUA GUGAUC GUUACGAGG \ GA UCA AUCCCUAU CACUGG CGAUGCUCC A CCAAUUUGGACAACAAUA U^ GU AG CU AACAAUGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-1329-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGAGGGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-1329-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCGUAGCUCGGUCACGAUAUC -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Cpi-Mir-1329-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUGGGUCUCUCAGUCUGGUUGUAGGGAUACAGUGAUCAGGUUACGAGGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUCGGUCACGAUAUCCCUAUGACUUAGAUAACAACAGGUUUAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGAUGGGUCUCUCAGUCU--| UG CA AG GAUUUCUC GGU UAGGGAUA GUGAUC GUUACGAGG \ UCA AUCCCUAU CACUGG CGAUGCUCC A CAAUUUGGACAACAAUAGAU^ GU AG CU AACAAUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpi-Mir-1329-v2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0037912 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUGAUCAGGUUACGAGGGAU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpi-Mir-1329-v2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCGUAGCUCGGUCACGAUAU -59
Get sequence
|
