| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-17-P3e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-17-P1e Ebu-Mir-17-P2e Ebu-Mir-17-P3f-v1 Ebu-Mir-17-P4e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010694.1: 1552582-1552644 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P3e) |
Mir-17-P1e
FYBX02010694.1: 1552137-1552201 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2e FYBX02010694.1: 1552447-1552509 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P3e FYBX02010694.1: 1552582-1552644 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4e FYBX02010694.1: 1553249-1553308 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2e FYBX02010694.1: 1553451-1553512 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1e FYBX02010694.1: 1553862-1553920 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2e FYBX02010694.1: 1554002-1554063 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUGUCCGUCGUGCCGGGCCGUGCAGUGUGAAAGUGCACAUAGUGAUAGAUAGCCCAUCGUUCCUGCUAGCUACACUAUUUACACUUUUAACACUGUGCCGCCGCACUCUGCCAAGAGAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUGUCCGUCGUGCCG-- C UG -| CAC A A GCCCAUC GGC G CAGUG UGAAAGUG AUAGUG UAG UA \ CCG C GUCAC AUUUUCAC UAUCAC AUC AU G AAAAGAGAACCGUCUCACG C GU A^ AUU - G CGUCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-17-P3e_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAAAGUGCACAUAGUGAUAGAUA -23
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-17-P3e_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GCUACACUAUUUACACUUUUAAC -63
Get sequence
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