| MirGeneDB ID | Ete-Mir-433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-433 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-433 Cfa-Mir-433 Cja-Mir-433 Cpo-Mir-433 Dno-Mir-433 Eca-Mir-433 Hsa-Mir-433 Laf-Mir-433 Mml-Mir-433 Mmr-Mir-433 Mmu-Mir-433 Ocu-Mir-433 Pab-Mir-433 Rno-Mir-433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980297: 82399996-82400069 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-433) |
Mir-136-v1
JH980297: 82397135-82397190 [-]
UCSC
Mir-136-v2 JH980297: 82397135-82397190 [-] UCSC Mir-432 JH980297: 82397342-82397410 [-] UCSC Mir-127 JH980297: 82398910-82398965 [-] UCSC Mir-433 JH980297: 82399996-82400069 [-] UCSC Mir-431 JH980297: 82400847-82400910 [-] UCSC Mir-493 JH980297: 82413472-82413532 [-] UCSC |
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| Seed | UCAUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAAGAAGACCCAGUGGCCGGGGAGAAGUACGGUGAGCCUGUCAUUAUUCAGAGAGGCUAGAUCCUCUGUGUCGAGAAGGAUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGUUCUCCAGGUAGCGGCUCCACACCAUGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGAAGAAGACCCAGUG---| GG GUA U U AGAGAGGCUAGAU GCC GGAGAA CGG GAGCCUGUCAU AUUC C UGG CCUCUU GCU CUCGGGUAGUA UAGG C GGAAGUACCACACCUCGGCGA^ A- GUG C C AAGAGCUGUGUCU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ete-Mir-433_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACGGUGAGCCUGUCAUUAUUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ete-Mir-433_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
52- AUCAUGAUGGGCUCCUCGGUGU -74
Get sequence
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