| MirGeneDB ID | Ete-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-431 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-431 Cfa-Mir-431 Cja-Mir-431 Cpo-Mir-431 Eca-Mir-431 Hsa-Mir-431 Laf-Mir-431 Mml-Mir-431 Mmr-Mir-431 Mmu-Mir-431 Ocu-Mir-431 Pab-Mir-431 Rno-Mir-431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980297: 82400847-82400910 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-431) |
Mir-136-v1
JH980297: 82397135-82397190 [-]
UCSC
Mir-136-v2 JH980297: 82397135-82397190 [-] UCSC Mir-432 JH980297: 82397342-82397410 [-] UCSC Mir-127 JH980297: 82398910-82398965 [-] UCSC Mir-433 JH980297: 82399996-82400069 [-] UCSC Mir-431 JH980297: 82400847-82400910 [-] UCSC Mir-493 JH980297: 82413472-82413532 [-] UCSC |
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| Seed | GUCUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACUGCUCUCUCUUGGUCGUCCUGCGGGCUGUCUUGCAGGCCGUCAUGCAGGCCACCUUGACGGUAACGUUGCAGGUCGCCCUGCCGGGCUUCUCGCAAGACGACAUCCUCGUCGUUCACAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCACUGCUCUCUCUUGG--| C CU U C UCA GGCCACCUU UCGUC UGCGGG GUCU GCAGG CG UGCA G AGCAG ACGCUC CGGG CGUCC GC ACGU A UAACACUUGCUGCUCCUAC^ A UU C C UGG UGCAAUGGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +3 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-431_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCUUGCAGGCCGUCAUGCA -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ete-Mir-431_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CAGGUCGCCCUGCCGGGCUUC -64
Get sequence
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