| MirGeneDB ID | Lan-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lan-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P1 Eba-Mir-1990-P1 Efe-Mir-1990-o1 Efe-Mir-1990-P1 Ofu-Mir-1990-P1 Pdu-Mir-1990-P1 War-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000037: 549096-549155 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P1) |
Mir-1986
LFEI01000037: 537094-537148 [-]
Ensembl
Mir-1990-P2 LFEI01000037: 537538-537595 [-] Ensembl Mir-1990-P1 LFEI01000037: 549096-549155 [+] Ensembl |
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| Seed | GUAAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGCCUUCUACCGACUUUCUUCACAACUUGUAAGUUAACGUAGUCCAAGGUUUAGACUUUGAAACUUGCGAUUGCGAUAACUUGCGGGAUGCGUUGAAAGUGAUCGGCGAGCAAUCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUGCCUUCUACCGAC-- UUCA A A -| GUUUAGA UUUC CA CUUGUAAGUUA CGUAGUC CAAG \ AAAG GU GGGCGUUCAAU GCGUUAG GUUC C ACCUAACGAGCGGCUAGUG UUGC A A C^ AAAGUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lan-Mir-1990-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAGUUAACGUAGUCCAAGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Lan-Mir-1990-P1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUUGCGAUUGCGAUAACUUGCGGG -60
Get sequence
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