| MirGeneDB ID | War-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Wirenia (Solenogaster) (Wirenia argentea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | War-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P1 Eba-Mir-1990-P1 Efe-Mir-1990-o1 Efe-Mir-1990-P1 Lan-Mir-1990-P1 Ofu-Mir-1990-P1 Pdu-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_025802215.1_ASM2580221v1_Wirenia) |
WNLI01031899.1: 4830-4889 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P1) |
Mir-1990-P1
WNLI01031899.1: 4830-4889 [+]
Ensembl
Mir-1990-P2 WNLI01031899.1: 8850-8906 [+] Ensembl |
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| Seed | CGGGACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGGUGAAGUUAUAAAAGUCGCGCCAUUUUGUAAAUUGACAUAGUCCCUGGGUGUGUUUGGUAGACUCGGGACUGCGUCAAUUUAUGGGACGGUUCGAUGCCAGUGUUUGUCGUCCACGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGGUGAAGUUAUAAAA--| C A UG A U GUGUU GUCG GCC UUU UAAAUUGAC UAGUCCC GGGU \ UAGC UGG AGG AUUUAACUG GUCAGGG CUCA U GCACCUGCUGUUUGUGACCG^ U C GU C - GAUGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | War-Mir-1990-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAAUUGACAUAGUCCCUGGGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | War-Mir-1990-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCGGGACUGCGUCAAUUUAUGGG -60
Get sequence
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