| MirGeneDB ID | Mal-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-24-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-24-P4b Lch-Mir-24-P4 Loc-Mir-24-P4 Sto-Mir-24-P4 Tni-Mir-24-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884702.1: 2270202-2270261 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P4b) |
Mir-27-P4b
KV884702.1: 2269816-2269878 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-24-P4b KV884702.1: 2270202-2270261 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UACCUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUGAGGCAUUUUGGGGUUGUGUACUCGUGUACCUACUGAACUGGAUUCGGUGUGUUUUUGCAGAACUGGCUCAGUCCAGCAGGAACAAGAGUGACACCUAUUAAGAUACCAUCAGUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAUGAGGCAUUUUGGGGUU- -| G A A A AU GUGUUU GUG UACUC UGU CCU CUG ACUGG UCGGU \ CAC GUGAG ACA GGA GAC UGACU GGUCA U CGUGACUACCAUAGAAUUAUC A^ A A C C C- AGACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-24-P4b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUACCUACUGAACUGGAUUCGGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-24-P4b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUCCAGCAGGAACAA -60
Get sequence
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