| MirGeneDB ID | Mml-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mml-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mmr-Mir-542-v1 Mmu-Mir-542 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014356.1: 130805265-130805323 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542-v1) |
Mir-450-P3
CM014356.1: 130804102-130804159 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 CM014356.1: 130804265-130804321 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 CM014356.1: 130804436-130804492 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v1 CM014356.1: 130805265-130805323 [-] UCSC Ensembl Mir-542-v2 CM014356.1: 130805266-130805322 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c CM014356.1: 130810224-130810286 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM014356.1: 130810557-130810615 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mml-Mir-542-v1 |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCAUUCAUCUUCAUAGCAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAGUCAAGGAUGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C AAACGAUACUUCUACUUACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-542-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-542-5p |
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| Mature sequence | Mml-Mir-542-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-542-3p |
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| Variant | Mml-Mir-542-v2 |
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| Seed | UGUGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUCAAGGAUGCACAGACCUCAGACAUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCACUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCAUUCAUCUUCAUAGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUCAAGGAUGCACAGAC--| AUC GG UCA AUACCA CUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ GGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C AACGAUACUUCUACUUACCGA^ GAA AA UAG ACGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-542-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0006406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGAUCAUCAUGUCACGAGA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-542-5p |
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| Mature sequence | Mml-Mir-542-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0006407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGUGACAGAUUGAUAACUGAA -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-542-3p |
