| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-542 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-542 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-542 Cfa-Mir-542-v1 Cja-Mir-542 Cpo-Mir-542 Dno-Mir-542-v1 Eca-Mir-542-v1 Ete-Mir-542 Hsa-Mir-542-v1 Laf-Mir-542 Mml-Mir-542-v1 Mmr-Mir-542-v1 Ocu-Mir-542-v1 Pab-Mir-542 Rno-Mir-542-P1a Rno-Mir-542-P1b Rno-Mir-542-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 53049414-53049474 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-542) |
Mir-450-P3
chrX: 53048008-53048065 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 chrX: 53048171-53048227 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 chrX: 53048304-53048360 [-] UCSC Ensembl Mir-542 chrX: 53049414-53049474 [-] UCSC Ensembl Mir-351 chrX: 53053276-53053338 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c chrX: 53053987-53054049 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v3 chrX: 53054268-53054329 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v2 chrX: 53054269-53054328 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c-v1 chrX: 53054270-53054327 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGGUUACACAUGCAGGGAUCUCAGACGUCUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAGAUACCACUGUGCCCUUGUGACAGAUUGAUAACUGAAAGGUCUGGGAGCCACUCCUCUUCCUAAGAAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAGGUUACACAUGCAG--| A GUC GG UCA AUACCA GG UCUCAGAC UCGG AUCA UGUCACGAG \ CC AGGGUCUG AGUC UAGU ACAGUGUUC C UUAAGAAUCCUUCUCCUCA^ G GAA AA UAG CCGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The Drosha cut in murids is -1 and they do not express the second variant at relatively high levels relative to the other mammals. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-542_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCGGGGAUCAUCAUGUCACGAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003171 TargetScanVert: mmu-miR-542-5p miRDB: MIMAT0003171 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-542_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGACAGAUUGAUAACUGAAAG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003172 TargetScanVert: mmu-miR-542-3p miRDB: MIMAT0003172 |
