| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-590 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-590 Cfa-Mir-590 Dno-Mir-590 Eca-Mir-590 Hsa-Mir-590 Mml-Mir-590 Mmr-Mir-590 Oan-Mir-590 Pab-Mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0067: 577872-577932 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGUUUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUGUAGCAGUCCUAAGCCAGUCGGAAAUGAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAGUACGAGCCGGUGAGCCUGUCGUUUUAUGUAUAAGCUCGUCUCUGAUGGAAACCUGCCGCGACGUCUCCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGUAGCAGUCCUAAG---| G A U GU UACGAGC CCA UCGGA AUGAGCUUAU CAUAAAA GCAG \ GGU AGUCU UGCUCGAAUA GUAUUUU UGUC C GCCUCUGCAGCGCCGUCCAAA^ - C U GC CGAGUGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-590_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-590_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCGUUUUAUGUAUAAGCUCGU -61
Get sequence
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