| MirGeneDB ID | Pab-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054698.2: 42959687-42959744 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v2) |
Mir-451
CM054698.2: 42959523-42959564 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 CM054698.2: 42959687-42959744 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 CM054698.2: 42959687-42959744 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pab-Mir-144-v2 |
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| Seed | GAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCCUGUGCCCCCAGUGGGGCCCUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGCGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCUGGGCACCCCCAGCUCUGGAGCCUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCCUGUGCCCCCAGU- -| U G A A UUGCG GGG GCCC GGCUGG AUAUCAUC UAUACUGUA GU A CCC CGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU CA U CAGUCCGAGGUCUCGACC A^ U A - - CAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-144-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-144-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CUACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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| Variant | Pab-Mir-144-v1 |
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| Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUCCUGUGCCCCCAGUGGGGCCCUGGCUGGGAUAUCAUCAUAUACUGUAAGUUUGCGAUGAGACACUACAGUAUAGAUGAUGUACUAGUCUGGGCACCCCCAGCUCUGGAGCCUGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUUCCUGUGCCCCCAGU- -| U G A AGUUUGCG GGG GCCC GGCUGG AUAUCAUC UAUACUGUA \ CCC CGGG CUGAUC UGUAGUAG AUAUGACAU A CAGUCCGAGGUCUCGACC A^ U A - CACAGAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-144-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUCAUAUACUGUAAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACAGUAUAGAUGAUGUACUA -58
Get sequence
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