| MirGeneDB ID | Xla-Mir-17-P4d3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xla-Mir-17-P1c3 Xla-Mir-17-P1c4 Xla-Mir-17-P2a3 Xla-Mir-17-P2a4 Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xla-Mir-17-P4a3 Xla-Mir-17-P4a4 Xla-Mir-17-P4c3 Xla-Mir-17-P4c4 Xla-Mir-17-P4d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-17-P4d Bta-Mir-17-P4d Cfa-Mir-17-P4d Cja-Mir-17-P4d Cmi-Mir-17-P4d Cpi-Mir-17-P4d Cpo-Mir-17-P4d Dno-Mir-17-P4d Dre-Mir-17-P4d Eca-Mir-17-P4d Ete-Mir-17-P4d Gmo-Mir-17-P4d Hsa-Mir-17-P4d Laf-Mir-17-P4d Lch-Mir-17-P4d Loc-Mir-17-P4d Mal-Mir-17-P4d Mdo-Mir-17-P4d Mml-Mir-17-P4d Mmr-Mir-17-P4d Mmu-Mir-17-P4d Mun-Mir-17-P4d Ocu-Mir-17-P4d Pab-Mir-17-P4d Rno-Mir-17-P4d Sha-Mir-17-P4d Tni-Mir-17-P4d Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030728.1: 136153621-136153681 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4d3) |
Mir-17-P4d3
NC_030728.1: 136153621-136153681 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P2d3 NC_030728.1: 136153764-136153821 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUUCCAUCAGACACUGUCCUAUGGGCUCCAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAGCUUUAUAACAGACCUACUGCAUGAGCAGCACUUCCUGAGCUCAAUGUGACCCUUCACGUCGGACCCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAUUCCAUCAGACACU- C - CA-| G CUUUAU GUC UA UGGGCUC AAGUGCUGUUCGUGCAG UAG \ CAG GU ACUCGAG UUCACGACGAGUACGUC AUC A CGCCCAGGCUGCACUUCC U A UCC^ - CAGACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-17-P4d3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-17-P4d3_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046614 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCAUGAGCAGCACUUCCUGA -61
Get sequence
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