| MirGeneDB ID | Xla-Mir-27-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-27-P2c Xla-Mir-27-P2d Xla-Mir-27-P3c Xla-Mir-27-P3d Xla-Mir-27-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-27-P4 Lch-Mir-27-P4 Loc-Mir-27-P4 Sto-Mir-27-P4 Xtr-Mir-27-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030731.1: 64137244-64137306 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P4d) |
Mir-27-P4d
NC_030731.1: 64137244-64137306 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-23-P4d NC_030731.1: 64137540-64137600 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GGACUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUACAAUAUUGAAAUCCUCUAGAGGGGCAGGACUUAGCUGGCUCUGUGAACAGGUCUUUUGUGUUCAAUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCAACCCACUGGGGAACAUACUUCUAUAUAUAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUACAAUAUUGAAAUC--| A GCA GCU GGUCUUU CUCUAG GGG GGACUUAGCUG CUGUGAACA U GGGGUC CCC CUUGAAUCGGU GACACUUGU G AUAUAUAUAUCUUCAUACAA^ A AAC --- AACUUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-27-P4d_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUUAGCUGGCUCUGUGAACA -24
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-27-P4d_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCCAA -63
Get sequence
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