| MirGeneDB ID | Sto-Mir-27-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-27-P2 Sto-Mir-27-P3a Sto-Mir-27-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-27-P4 Dre-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4b Lch-Mir-27-P4 Loc-Mir-27-P4 Mal-Mir-27-P4a Mal-Mir-27-P4b Tni-Mir-27-P4a Tni-Mir-27-P4b Xla-Mir-27-P4c Xla-Mir-27-P4d Xtr-Mir-27-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01000014.1: 1438467-1438532 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P4) |
Mir-23-P4
BFAA01000014.1: 1434855-1434919 [+]
Mir-27-P4 BFAA01000014.1: 1438467-1438532 [+] Mir-24-P4 BFAA01000014.1: 1439309-1439368 [+] |
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| Seed | AGAACUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGCCAGAGAAAUUCCUCUUUAGACUGGCCUAGAACUUAGCUAUUUGGAGAGCAGUGGCCUUCAAUGAAAUCCUGUUCACAGUGGCUAAGUUCAGUUCCUCUGAAGAAUUUUACAAUUGCAUCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGCCAGAGAAAUUCCU---| CU GC A - G CAGUGGCCU CUUUAGA G CU GAACUUAGCUAUU UGGA AG U GAAGUCU C GA CUUGAAUCGGUGA ACUU UC C UAACUACGUUAACAUUUUAA^ C- UU - C G CUAAAGUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Mir-27-P4_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGAACUUAGCUAUUUGGAGAGC -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Sto-Mir-27-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UUCACAGUGGCUAAGUUCAGU -66
Get sequence
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