| MirGeneDB ID | Xla-Mir-92-P1d1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-92b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xla-Mir-92-P1c3 Xla-Mir-92-P1c4 Xla-Mir-92-P1d2 Xla-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2c3 Xla-Mir-92-P2c4 Xla-Mir-92-P2d3 Xla-Mir-92-P2d4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-92-P1d Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1d Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1d Cja-Mir-92-P1d Cmi-Mir-92-P1d Cpi-Mir-92-P1d Cpo-Mir-92-P1d Dno-Mir-92-P1d Dre-Mir-92-P1d Eca-Mir-92-P1d Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1d Gja-Mir-92-P1d Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1d Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1d Lch-Mir-92-P1d Loc-Mir-92-P1d Mal-Mir-92-P1d Mdo-Mir-92-P1d Mml-Mir-92-P1d Mmr-Mir-92-P1d Mmu-Mir-92-P1d Mun-Mir-92-P1d Oan-Mir-92-P1d Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1d Pab-Mir-92-P1d Pbv-Mir-92-P1d Rno-Mir-92-P1d Sha-Mir-92-P1d Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1d Sto-Mir-92-P1d Tgu-Mir-92-P1d Xtr-Mir-92-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030738.1: 119258839-119258901 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUUACCAGCAGUCAUAUCUGGAUAUACAGAAGGAUCGGGAUGCUGUGCACUGUUGUCCUUUCACCUGCCAAUAUUGCACUCGUCCCGGCCUCCUGCGUCUCUGGGCUACUCUGCCUUGUGUCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUACCAGCAGUCAUAU--|UG U UA A A CU C GUCCUUU C GA A CAG AGG UCGGGAUG GUGCA UGUU \ G CU U GUC UCC GGCCCUGC CACGU AUAA C UCUGUGUUCCGUCUCAUCG^GU C GC C - U- U CCGUCCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-92-P1d1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046611 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGAUCGGGAUGCUGUGCACUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-92-P1d1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUUGCACUCGUCCCGGCCUCC -63
Get sequence
|
