| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-301b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-130-P1c Cpo-Mir-130-P2b Cpo-Mir-130-P3b Cpo-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_4: 19664333-19664392 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a) |
Mir-130-P2a
scaffold_4: 19664333-19664392 [+]
UCSC
Mir-130-P4a scaffold_4: 19664670-19664729 [+] UCSC |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUCAUCCCUACUCCUGUUGGCUGCAGAAGCUCUGACGAGGUUGCACUACUGUGCUCUGAGAAGCAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAUCUGGGGCCAGCCUUGGGAAUGUUCCUCACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUUCAUCCCUACUCCU-- G A C G---| A GUGCU GUUGGCU CAGA GCU UGACGA GUUGCACU CU \ CGACCGG GUCU CGA ACUGUU UAACGUGA GA C CCACUCCUUGUAAGGGUUC G A A AUAG^ C AGAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-130-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACGAGGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-130-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAU -60
Get sequence
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