| MirGeneDB ID | Dno-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-301b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dno-Mir-130-P1c Dno-Mir-130-P2b Dno-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Dre-Mir-130-P2a2 Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mal-Mir-130-P2a1 Mal-Mir-130-P2a2 Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Tni-Mir-130-P2a2 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH569570: 1030370-1030429 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a) |
Mir-130-P4a
JH569570: 1030022-1030081 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2a JH569570: 1030370-1030429 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUGGGGUACCCCCCUGCAGGCCGCAGGCGCUCUGACUAGAUUGCACUACUGUGCUCUGAGAAGCAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAUCCGGGGCCAGCCUUGGGGACCCCCCCUCCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUGGGGUACCCCCCU-- A GCA C- C UAG---| A GUGCU GC GGCC GG GCU UGAC AUUGCACU CU \ CG CCGG CC CGA ACUG UAACGUGA GA C CCCUCCCCCCCAGGGGUUC A GG- UA A UUAUAG^ C AGAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-130-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCUGACUAGAUUGCACUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-130-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047790 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAGUGCAAUGAUAUUGUCAAAGCAU -60
Get sequence
|
