| MirGeneDB ID | Mal-Mir-130-P2a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-130-P1a1 Mal-Mir-130-P1a2 Mal-Mir-130-P2a2 Mal-Mir-130-P2b2 Mal-Mir-130-P3a1 Mal-Mir-130-P4a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P2a Ami-Mir-130-P2a Bta-Mir-130-P2a Cfa-Mir-130-P2a Cja-Mir-130-P2a Cli-Mir-130-P2a Cmi-Mir-130-P2a Cpi-Mir-130-P2a Cpo-Mir-130-P2a Dno-Mir-130-P2a Dre-Mir-130-P2a1 Eca-Mir-130-P2a Gga-Mir-130-P2a Gja-Mir-130-P2a Gmo-Mir-130-P2a1 Hsa-Mir-130-P2a Laf-Mir-130-P2a Lch-Mir-130-P2a Loc-Mir-130-P2a Mml-Mir-130-P2a Mmr-Mir-130-P2a Mmu-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2a Oan-Mir-130-P2a Ocu-Mir-130-P2a Pab-Mir-130-P2a Pbv-Mir-130-P2a Rno-Mir-130-P2a Spt-Mir-130-P2a Sto-Mir-130-P2a Tgu-Mir-130-P2a Xtr-Mir-130-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884728.1: 4816831-4816893 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P2a1) |
Mir-130-P4a1
KV884728.1: 4809878-4809938 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a1 KV884728.1: 4812018-4812084 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a1 KV884728.1: 4816831-4816893 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a1 KV884728.1: 4817202-4817260 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGUGUUUUCCAGCUCGCAGAGGUCAGCUGCUUUGACGAUGUUGCACUACUGUACCAUCCGCUAAAGCAGUGCAAUAGUAUUGUCAUAGCAUUCGGCCUUCGCCUUAUACUACAGCAGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUGUGUUUUCCAGCUC-- AG AGC U ---| A GUACCA GC AGGUC UGCU UGACGAU GUUGCACU CU U CG UCCGG ACGA ACUGUUA UAACGUGA GA C CGACGACGACAUCAUAUUC CU CUU U UGA^ C AAUCGC 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-130-P2a1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUUUGACGAUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-130-P2a1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUAGUAUUGUCAUAGCAU -63
Get sequence
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