| MirGeneDB ID | Dre-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-19d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Dre-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-19-P2d Gmo-Mir-19-P2d Lch-Mir-19-P2d Loc-Mir-19-P2d Mal-Mir-19-P2d Mun-Mir-19-P2d Tni-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr14: 100674-100734 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2d) |
Mir-17-P4d
chr14: 100511-100568 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2d chr14: 100674-100734 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P2d chr14: 100779-100838 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUCGCCGUGACGACUGUUGUGUGACGGUCAGCUUUGCGGGGUGGGCAGUCAGCCUCCGUGUGGCCGCUGUGCAAACCCAUGCAAAACUGAGCGCUGCGCUACGCUACACUGAUGCUACGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUCGCCGUGACGACUGUU-- GA G C -| GG GU CUCCG GUGU CG UCAG UUUGCG GGGU GCA CAGC U CGCG GC AGUC AAACGU CCCA CGU GUCG G CGCAUCGUAGUCACAUCGCAU UC G A A^ AA -- CCGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-19-P2d_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031941 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUGCGGGGUGGGCAGUCAGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-19-P2d_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAACCCAUGCAAAACUGA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-19d |
