| MirGeneDB ID | Loc-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-19-P2d Dre-Mir-19-P2d Gmo-Mir-19-P2d Lch-Mir-19-P2d Mal-Mir-19-P2d Mun-Mir-19-P2d Tni-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG2: 57217593-57217657 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2d) |
Mir-92-P2d
LG2: 57216723-57216782 [-]
Ensembl
Mir-19-P2d LG2: 57217593-57217657 [-] Ensembl Mir-17-P4d LG2: 57218016-57218076 [-] Ensembl Mir-17-P1d LG2: 57218139-57218200 [-] Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCUCUCUUUUGCCCUGCGGGUCCCAGUCAGCUUUGCAGGGUUGCAGUCAGCCUGUGCCUGUCAGUGCCGCUGUGCAAACCCAUGCAAAACUGACUGUGGCUGGUGCCGCCUCCUCUCGCCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCUCUCUUUUGCCCU-- G C C - -| GU CUGUGCCU GC GGUC CAGUCAG UUUGCA GGG UUGCA CAGC \ UG UCGG GUCAGUC AAACGU CCC AACGU GUCG G CGUCCGCUCUCCUCCGCCG G U A A A^ -- CCGUGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-19-P2d_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUGCAGGGUUGCAGUCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-19-P2d_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGUGCAAACCCAUGCAAAACUGA -65
Get sequence
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