| MirGeneDB ID | Loc-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P2a Ami-Mir-19-P2a Bta-Mir-19-P2a Cfa-Mir-19-P2a Cja-Mir-19-P2a Cli-Mir-19-P2a Cmi-Mir-19-P2a Cpi-Mir-19-P2a Cpo-Mir-19-P2a Dno-Mir-19-P2a Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Eca-Mir-19-P2a Ete-Mir-19-P2a Gga-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2a Gmo-Mir-19-P2a1 Gmo-Mir-19-P2a2 Hsa-Mir-19-P2a Laf-Mir-19-P2a Lch-Mir-19-P2a Mal-Mir-19-P2a1 Mal-Mir-19-P2a2 Mdo-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2a Mmr-Mir-19-P2a Mmu-Mir-19-P2a Mun-Mir-19-P2a Oan-Mir-19-P2a5 Oan-Mir-19-P2a6 Ocu-Mir-19-P2a Pab-Mir-19-P2a Pbv-Mir-19-P2a Rno-Mir-19-P2a Sha-Mir-19-P2a Spt-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2a Tgu-Mir-19-P2a Tni-Mir-19-P2a1 Tni-Mir-19-P2a2 Xla-Mir-19-P2a3 Xla-Mir-19-P2a4 Xtr-Mir-19-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG17: 12376619-12376681 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P2a) |
Mir-17-P1a
LG17: 12376014-12376074 [+]
Ensembl
Mir-17-P2a LG17: 12376145-12376209 [+] Ensembl Mir-19-P1a LG17: 12376281-12376338 [+] Ensembl Mir-17-P4a LG17: 12376500-12376558 [+] Ensembl Mir-19-P2a LG17: 12376619-12376681 [+] Ensembl Mir-92-P1a LG17: 12376738-12376796 [+] Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGCUUUAAUUUCCACUGGUCUCUGGUUAGUUUUGCUGGUUUGCAUUCAGCUGUAACACCACUGUUGCUGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGACUAUAGCAGUGAAUAUCGUGAAAGUGUUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUGCUUUAAUUUCCA----| GU C - - UU UGUAACA CUG CU UGGUUAGUUUUGC UGG UUUGCA CAGC \ GAC GA AUCAGUCAAAACG ACC AAACGU GUCG C CGUUGUGAAAGUGCUAUAAGU^ -- U U U -- UUGUCAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-19-P2a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCUGGUUUGCAUUCAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-19-P2a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA -63
Get sequence
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