| MirGeneDB ID | Gja-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-92-P1c Gja-Mir-92-P1d Gja-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P1a Ami-Mir-92-P1a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o1 Bla-Mir-92-o1 Bta-Mir-92-P1a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P1a Cja-Mir-92-P1a Cli-Mir-92-P1a Cmi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1a Cpo-Mir-92-P1a Dno-Mir-92-P1a Dre-Mir-92-P1a1 Dre-Mir-92-P1a2 Eca-Mir-92-P1a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P1a Gga-Mir-92-P1a Gmo-Mir-92-P1a1 Gmo-Mir-92-P1a2 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P1a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P1a Lch-Mir-92-P1a Loc-Mir-92-P1a Mal-Mir-92-P1a1 Mal-Mir-92-P1a2 Mdo-Mir-92-P1a Mml-Mir-92-P1a Mmr-Mir-92-P1a Mmu-Mir-92-P1a Mun-Mir-92-P1a Oan-Mir-92-P1a5 Oan-Mir-92-P1a6 Oan-Mir-92-P1a7 Oan-Mir-92-P1a8 Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P1a Pab-Mir-92-P1a Pbv-Mir-92-P1a Rno-Mir-92-P1a Sha-Mir-92-P1a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P1a Sto-Mir-92-P1a Tgu-Mir-92-P1a Tni-Mir-92-P1a1 Tni-Mir-92-P1a2 Xla-Mir-92-P1a3 Xla-Mir-92-P1a4 Xtr-Mir-92-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015159750.1: 119406-119466 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P1a) |
Mir-92-P1a
NW_015159750.1: 119406-119466 [-]
Mir-19-P2a NW_015159750.1: 119520-119580 [-] Mir-17-P4a NW_015159750.1: 119664-119722 [-] Mir-19-P1a NW_015159750.1: 119825-119882 [-] Mir-17-P2a NW_015159750.1: 119955-120019 [-] Mir-17-P1a NW_015159750.1: 120099-120159 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAAGAGCUAAACUGUACCCCUUUCUAAACAGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCUGUGUGUUUGUCUGUGGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGUUGAGGUUGGUGGGGCUAGAACGUGGAACAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAAGAGCUAAACUGUA- -| UU A C U GUGUGU CC CC UCU AACAGGUUGGGAU AGU GCAAUGCU U GG GG GGA UUGUCCGGCCCUG UCA CGUUAUGG U UACAAGGUGCAAGAUCGG U^ UU G U - UGUCUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gja-Mir-92-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUUGGGAUCAGUUGCAAUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gja-Mir-92-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGU -61
Get sequence
|
