| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-130-P3b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-130-P1a1 Gmo-Mir-130-P1a2 Gmo-Mir-130-P2a1 Gmo-Mir-130-P2a2 Gmo-Mir-130-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-130-P3b Cfa-Mir-130-P3b Cja-Mir-130-P3b Cmi-Mir-130-P3b Cpo-Mir-130-P3b Dno-Mir-130-P3b Dre-Mir-130-P3b1 Eca-Mir-130-P3b Hsa-Mir-130-P3b Laf-Mir-130-P3b Lch-Mir-130-P3b Mdo-Mir-130-P3b Mml-Mir-130-P3b Neu-Mir-130-P3b Oan-Mir-130-P3b Pab-Mir-130-P3b Sha-Mir-130-P3b Sto-Mir-130-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4358: 10709-10773 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3b1) |
Mir-130-P3b1
GeneScaffold_4358: 10709-10773 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P2b1 GeneScaffold_4358: 10925-10986 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAAUCUUGCAUUUACCAGAAAAUCCUGCAACCCUAUCAGUAUUGCCCCUGCUGUCCACUGAGUUCAGAGUAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUUCAGUGUUGGUCUUAAAACUUGGCUCAUGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAAUCUUGCAUUUACC- A- UC C ---| CC GUCCACU AGA AA CUG AACCCUAU CAGUAUUGC CUGCU \ UCU UU GAC UUGGGAUA GUUAUAACG GAUGA G CGGUACUCGGUUCAAAAU GG GU U UUC^ U- GACUUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-130-P3b1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCCUAUCAGUAUUGCCCCUGCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-130-P3b1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUUU -65
Get sequence
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