| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-23-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-23a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-23-P1 Gmo-Mir-23-P2b Gmo-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-23-P4 Dre-Mir-23-P4a Lch-Mir-23-P4 Loc-Mir-23-P4 Mal-Mir-23-P4a Sto-Mir-23-P4 Tni-Mir-23-P4a Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_1112: 351353-351416 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P4a) |
Mir-24-P4a
GeneScaffold_1112: 349423-349481 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P4a GeneScaffold_1112: 350547-350610 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P4a GeneScaffold_1112: 351353-351416 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCUGCUCAGACCAUUGCUGUGGUGGGGGGGGUUCCUGGCACCGUGAUUUGGUGCACAAAGAGAAACAAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCACUCCUUCACAGCUCGCCUGGCAUCCCAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCUGCUCAGACCAUU- U - -| GG CC GGUGCACAA GCUGUGG GG G GG GUUCCUGGCA GUGAUUU \ CGACACU CC C CC UAGGGACCGU CACUAAA A CAGACCCUACGGUCCGCU U U A^ UU UA AACAAAGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-23-P4a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCACCGUGAUUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-23-P4a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCA -64
Get sequence
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