| MirGeneDB ID | Laf-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-15-P1a Laf-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1d Laf-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2b Laf-Mir-15-P2c Laf-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pab-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010127.1: 4463334-4463392 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-450-P3
GL010127.1: 4457296-4457353 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 GL010127.1: 4457461-4457517 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 GL010127.1: 4457641-4457697 [-] UCSC Ensembl Mir-542 GL010127.1: 4458476-4458534 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c GL010127.1: 4463094-4463154 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c GL010127.1: 4463334-4463392 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACUCCCCUUCGUUGACUCCGAGGGGAUGCAGCAGCAAUUCAUGUUUUGGAGUGCUCUACAAGGUUCAAAACGUGAGGCGCUGCUAUACCCCCUCGCGGAGAACGGAGAAGGUGGGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGACUCCCCUUCGUUGA--| C A C AA GUGCUC CU CGAGGGG UG AGCAGC UUCAUGUUUUGGA \ GG GCUCCCC AU UCGUCG GAGUGCAAAACUU U UGGGGUGGAAGAGGCAAGA^ C C A CG GGAACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-15-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-15-P1c_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAAAACGUGAGGCGCUGCUAUA -59
Get sequence
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