| MirGeneDB ID | Pab-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-15-P1a Pab-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1d Pab-Mir-15-P2a Pab-Mir-15-P2b Pab-Mir-15-P2c Pab-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1c Bta-Mir-15-P1c Cfa-Mir-15-P1c Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1c Cli-Mir-15-P1c Cmi-Mir-15-P1c Cpi-Mir-15-P1c Cpo-Mir-15-P1c Dno-Mir-15-P1c Eca-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1c Gga-Mir-15-P1c Gja-Mir-15-P1c Hsa-Mir-15-P1c Laf-Mir-15-P1c Lch-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c Loc-Mir-15-P1c-as Mdo-Mir-15-P1c-v1 Mml-Mir-15-P1c Mmr-Mir-15-P1c Mmu-Mir-15-P1c-v1 Mun-Mir-15-P1c Neu-Mir-15-P1c Oan-Mir-15-P1c Ocu-Mir-15-P1c Pbv-Mir-15-P1c Rno-Mir-15-P1c3 Rno-Mir-15-P1c4 Sha-Mir-15-P1c Spt-Mir-15-P1c Tgu-Mir-15-P1c Xla-Mir-15-P1c1 Xla-Mir-15-P1c2 Xtr-Mir-15-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 140568229-140568287 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1c) |
Mir-450-P3
CM054702.2: 140561771-140561828 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-450-P2 CM054702.2: 140561930-140561986 [-] UCSC Ensembl Mir-450-P1 CM054702.2: 140562101-140562158 [-] UCSC Ensembl Mir-542 CM054702.2: 140562939-140562997 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P2c CM054702.2: 140567917-140567979 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1c CM054702.2: 140568229-140568287 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAUUCCCCUUCAUUGACUCCGAGGGGAUACAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAAGUGUUCUAAAUGGUUCAAAACGUGAGGCGCUGCUAUACCCCCUCGUGGGGAAGGUAGAAGGUGGGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAUUCCCCUUCAUUGA- -| A C AA GUGUUC CUC CGAGGGG UA AGCAGC UUCAUGUUUUGAA \ GGG GCUCCCC AU UCGUCG GAGUGCAAAACUU U UGGGGUGGAAGAUGGAAG U^ C A CG GGUAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-15-P1c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Pab-Mir-15-P1c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAAAACGUGAGGCGCUGCUAUA -59
Get sequence
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