| MirGeneDB ID | Lan-Mir-1994-o2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lan-Mir-1994-o2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1994-P2 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P2 Hru-Mir-1994-P2 Lgi-Mir-1994-P2 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P2 Mom-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P2 Ovu-Mir-1994-P2 Pve-Mir-1994-P2b Rph-Mir-1994-P2 War-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000901: 32115-32186 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-o2b) |
Mir-1994-o2b
LFEI01000901: 32115-32186 [-]
Ensembl
Mir-1994-o1b LFEI01000901: 34810-34867 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUGGCGCUGCGAAAAGAACAUCAGUCUCAAGGAGGACUCACUAUCUGCAUUCUCCACGCAUGCGCGUUCAGUUGUUAAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUCGGAUUGAGUUCUCCAUACAACCUGCCAAGCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAUGGCGCUGCGAAAA---| A CAA U A G CUCCACGCAUGC GAAC UCAGUCU GGAGGAC CACU UCU CAUU \ CUUG AGUUAGG CCUCCUG GUGA AGA GUAA G GCGAACCGUCCAACAUACCU^ - CUC U C - UUGUUGACUUGC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | It is unclear how the two paralogues of Mir-1994 in the brachiopod and the phoronid relate to either one another or the two paralogues in molluscs and are hence considered orphans pending further data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lan-Mir-1994-o2b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGGAGGACUCACUAUCUGCAUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lan-Mir-1994-o2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
50- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUCG -72
Get sequence
|
