| MirGeneDB ID | Mun-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mun-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Dre-Mir-130-P4a1 Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mal-Mir-130-P4a1 Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xla-Mir-130-P4a3 Xla-Mir-130-P4a4 Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_901765095.2_aMicUni1.2) |
LR594642.1: 57454622-57454682 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a) |
Mir-130-P1a
LR594642.1: 57446084-57446142 [+]
Mir-130-P2a LR594642.1: 57447076-57447134 [+] Mir-130-P3a LR594642.1: 57453690-57453753 [+] Mir-130-P4a LR594642.1: 57454622-57454682 [+] |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUUGGAAUCUGGAUGCCAGGCUGCCUGCCACUCUUUCCCUGUUGCACUACUGUGAACGUUGGAUGUAGCAGUGCAAUAGUGAAAGGGCGUCAGUCCGCUCCUGGAAUCAGCCGGCCGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUUGGAAUCUGGAUGCCA------| CC ACU C A GUGAACG GGCUG UGCC CUUUC CUGUUGCACU CU \ CUGAC GCGG GAAAG GAUAACGUGA GA U GGGGCCGGCCGACUAAGGUCCUCGC^ U- --- U C UGUAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mun-Mir-130-P4a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCCCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mun-Mir-130-P4a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCAAUAGUGAAAGGGCGU -61
Get sequence
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