| MirGeneDB ID | Mun-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Microcaecilia (Microcaecilia unicolor) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mun-Mir-130-P1a Mun-Mir-130-P1b Mun-Mir-130-P1c Mun-Mir-130-P2a Mun-Mir-130-P2b Mun-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P3a Ami-Mir-130-P3a Cli-Mir-130-P3a Cmi-Mir-130-P3a Cpi-Mir-130-P3a Dre-Mir-130-P3a1 Gga-Mir-130-P3a Gja-Mir-130-P3a Lch-Mir-130-P3a Loc-Mir-130-P3a Mal-Mir-130-P3a1 Pbv-Mir-130-P3a Spt-Mir-130-P3a Sto-Mir-130-P3a Tgu-Mir-130-P3a Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xtr-Mir-130-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_901765095.2_aMicUni1.2) |
LR594642.1: 57453690-57453753 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P3a) |
Mir-130-P1a
LR594642.1: 57446084-57446142 [+]
Mir-130-P2a LR594642.1: 57447076-57447134 [+] Mir-130-P3a LR594642.1: 57453690-57453753 [+] Mir-130-P4a LR594642.1: 57454622-57454682 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCUGGGAAGCCCAGACCUUAAGGAAAAGGCCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCUUUUAUGAUCAGAGAAGCAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCUUUUCUUGGGGAACUUUCACCAUGGAUAAACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCUGGGAAGCCCAGA--- G ---| CU UUUAUG CCUUAA GAAAAGGCCCUAU CAAUAUUGC CUGCU A GGGGUU CUUUUCUGGGAUA GUUAUAACG GACGA U CAAAUAGGUACCACUUUCAA - UUC^ U- AGAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mun-Mir-130-P3a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCCUAUCAAUAUUGCCUCUGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mun-Mir-130-P3a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGUCU -64
Get sequence
|
