| MirGeneDB ID | Xla-Mir-130-P4a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-130 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-130b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-130-P1a3 Xla-Mir-130-P1a4 Xla-Mir-130-P1b3 Xla-Mir-130-P1b4 Xla-Mir-130-P2a3 Xla-Mir-130-P2a4 Xla-Mir-130-P2b3 Xla-Mir-130-P2b4 Xla-Mir-130-P3a3 Xla-Mir-130-P3a4 Xla-Mir-130-P4a3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-130-P4a Bta-Mir-130-P4a Cfa-Mir-130-P4a Cja-Mir-130-P4a Cmi-Mir-130-P4a Cpi-Mir-130-P4a Cpo-Mir-130-P4a Dno-Mir-130-P4a Eca-Mir-130-P4a Ete-Mir-130-P4a Gga-Mir-130-P4a Gja-Mir-130-P4a Hsa-Mir-130-P4a Laf-Mir-130-P4a Lch-Mir-130-P4a Loc-Mir-130-P4a Mdo-Mir-130-P4a Mml-Mir-130-P4a Mmr-Mir-130-P4a Mmu-Mir-130-P4a Mun-Mir-130-P4a Ocu-Mir-130-P4a Pab-Mir-130-P4a Pbv-Mir-130-P4a Rno-Mir-130-P4a Sha-Mir-130-P4a Spt-Mir-130-P4a Sto-Mir-130-P4a Tgu-Mir-130-P4a Xtr-Mir-130-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 126913055-126913114 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-130-P4a4) |
Mir-130-P4a4
NC_030725.1: 126913055-126913114 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-130-P3a4 NC_030725.1: 126914978-126915041 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P2a4 NC_030725.1: 126920251-126920313 [-] UCSC Ensembl Mir-130-P1a4 NC_030725.1: 126921116-126921174 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGUAAGUGUGUGCCCAGGCCGCCUGACACUCUUUCCCUGUUGCACUACUGUGCCAGUGAAUAAAGCAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAUCAGUCUGGAGCUGAUCUCAGCACCGUGUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACAGUAAGUGUGUGCCC G- C-| CA CC A GUGCCA AG CCG CUGA CUCUUUC UGUUGCACU CU G UC GGU GACU GGGAAAG GUAACGUGA GA U CCUGUGCCACGACUCUAG GA CU^ AC UA C AAUAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-130-P4a4_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046443 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUUUCCCUGUUGCACUACU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-130-P4a4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUGCAAUGAUGAAAGGGCAU -60
Get sequence
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